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    DNA序列查詢——NCBI良心教程,尋找基因轉(zhuǎn)錄本序列及相關(guān)編碼蛋白

    發(fā)布時(shí)間: 2021-08-21  點(diǎn)擊次數(shù): 27158次

    提及 NCBI 我們大家都不陌生,研究物種基因功能可都靠它呢。在 NCBI 的快速搜索下,基因 轉(zhuǎn)錄本序列以及相關(guān)編碼蛋白信息那也是手到擒來(lái)。然而當(dāng)我們查找某個(gè)基因的相關(guān)信息時(shí), 就會(huì)發(fā)現(xiàn)該基因有很多個(gè)轉(zhuǎn)錄本。所以盡管基因查詢很簡(jiǎn)單,但要精確定位到自己所需的轉(zhuǎn) 錄本核酸序列及蛋白信息仍是一個(gè)問(wèn)題,今天小編就手把手教大家如何通過(guò)經(jīng) NCBI 搞定此難題,以栗子為主,包學(xué)包會(huì)。

    步驟

    1.打開 pubmed:ncbi.nlm.nih.gov/pubmed


    2.選擇基因并輸入你要查找的基因名稱 ,這里以 TP53 基因?yàn)槔?/p>

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    3.點(diǎn)擊 search 進(jìn)入該界面

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    4.點(diǎn)擊第一個(gè) TP53 進(jìn)入以下界面

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    5.下拉到 NCBI Reference Sequences (RefSeq)區(qū)域,mRNA and Protein(s)下顯示的就是該基因的轉(zhuǎn)錄本及其編碼的蛋白:

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    6.一直下拉會(huì)發(fā)現(xiàn)該基因共有15個(gè)轉(zhuǎn)錄本

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    案例

    以第一個(gè)轉(zhuǎn)錄本為例來(lái)告訴大家怎樣查找轉(zhuǎn)錄本的核苷酸序列及其編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。


    7.點(diǎn)擊 NM_000546.5 后會(huì)出現(xiàn)以下界面

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    8.下拉到 ORIGIN 區(qū)域即為該轉(zhuǎn)錄本的核苷酸序列

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    9.返回到以下界面

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    10.點(diǎn)擊 NP_000537.3 后會(huì)看到以下界面

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    11.下拉到 ORIGIN 區(qū)域即為該轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列

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    獲得該轉(zhuǎn)錄本的 ORF 序列


    12.返回到以下界面

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    13. 點(diǎn)擊 CCDS11118.1 后會(huì)出現(xiàn)

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    14.下拉到 Nucleotide Sequence 區(qū)域即為該轉(zhuǎn)錄本的 ORF 序列,Translation 區(qū)域是該轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。

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    NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索基因序列的私家套路三

    套路一

    進(jìn)入NCBI 網(wǎng)站,在 Nucleotide(核苷酸)數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索,以人 CCL2 為例。

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    套路二

    進(jìn)入 NCBI 網(wǎng)站,在 CCDS( 共識(shí)編碼序列 )數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索,ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi

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    套路三(推薦)

    進(jìn)入 NCBI 網(wǎng)站,在 Gene(基因)數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索。找到 Tools 工具的下拉菜單中 Sequence Text View,點(diǎn)擊就可以查到基因序列,并且網(wǎng)站以不同顏色標(biāo)注 CCL2 基因的不同部分,灰色的 UTR,紅色的外顯子,綠色的內(nèi)含子,以及一一對(duì)應(yīng)的編碼區(qū)。

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